Alişar Höyüğü, Yozgat’ın 45 km güneydoğusunda, Alişar köyünün kuzeyinde bulunan bir höyüktür.
520 metre, boyu ise bir kilometreye yakındır. Burası ilk defa 1927 yılında Şikago Üniversitesinden Vonder Osten başkanlığında bir heyet tarafından kazılmıştır. Çok düzenli olarak yapılan kazı işi 1932 yılına kadar aralıksız devam etmiştir. Sonunda eski, doğu-batı, güney - kuzey yollarının birleştiği merkeze yakın yerde Alişar Höyük meydana çıkarılmıştır. İç Anadolu’nun kronolojisini, eski kültürlerin birbirlerine geçişlerini ve devirlerini doğruya yakın olarak ancak bu kazılardan öğrenmek mümkün olmuştur.
Höyüğün ilk kuruluşundaki hali (M.Ö. 3200 - 2600) dörtgen planlı, kerpiç duvarlı, düz damlı evleriyle basit bir köy görünümündedir. Bundan sonraki devirlerde şehrin iç kalesi olduğu, evlerin belirli bir plana göre yapıldığı ve bazılarında duvarların içten ve dıştan sıvandığı görülür. Bu devirde şehir surla çevrilmiştir. Mezopotamya ile kültür alış verişinin bu devirde başladığı anlaşılmaktadır.
Üçüncü devirde ise, iki sur da, yani iç kale ve dış kale kuvvetlendirilmiş, iç kalenin alanı genişletilmiştir. Bu devir, M.Ö. 2200-2000 yılları arasında olup, Hitit çağına kadar devam eder.
Dördüncü devre gelince, Alişar’ın gelişmeleri iyice seçilebilmektedir. M.Ö. 2000-1500 yılları arasında Alişar büyük bir şehir hüviyetine bürünmüştür. Eski tunç çağının tersine, Hititler alt şehri yurtlandırmışlardır, yine alt şehir eski Hitit çağını karakterlendiren büyük bir surla sağlamlaştırılmıştır. Şehir, geniş planlı kale kapıları, yeraltı yolları ve yer yer kulelerle kuvvetlendirilerek savunmalı bir hale getirilmiştir. Büyük Hitit çağında (M.Ö. 1400 - 1200) önemini kaybetmeyen höyük, yine küçük bir yerleşme alanı olmuştur.
Beşinci devirde M.Ö. 1200 - 700 yıllarında Alişar’da, Hitit - Frig Kültürü görülür. Artık bu devirden sonra alt şehir önemini kaybetmiştir. Bundan sonra şehirde ortaya çıkan eserler Frig kültürünün ağırlığını ortaya koymuştur. Bu çağda iç kale eski temelleri üzerine yeniden yapılmışsa da M.Ö. 19. yüzyıla ait olan ilk yapı katının iç kale suru bir yangınla ortadan kalkmıştır.
Frig devrinden sonra önemini iyice kaybeden Alişar; Med, Pers, Helenistik çağ, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı devirlerini yaşamışsa da bu devirlerden söz edilebilecek önemli izler yoktur.