Ecnâdeyn savaşının meydana geldiği günlerde Hz. Ebû Bekir hastalanmıştı.
Hastalığı giderek ağırlaşıyordu. Vefatından önce, yerine seçilmek üzere Hz.
Ömer’i belirledi, bu konudaki isteğini ahitnâme unvanıyla bir vasiyet
metninde belirtti.
Adaletle Müslümanlara hizmet etmesi ümidiyle Hz. Ömer’i
halef bıraktığını, ona itaat etmelerini Müslümanlara hatırlattı. Ardından Hz.
Ömer’e cihadla ilgili vasiyetini yaptı; cenazesi toprağa verilir verilmez,
İslâm’ın daha ileri hedeflere ulaştırılması için, bıraktığı yerden fetihlerin
sürdürülmesinin doğru olacağını söyledi. Üzerinde bulunan beytülmale ait
emanetlerin yerine konulmasını ve Hz. Peygamber’in yanına defnolunmasını
kızı Hz. Âişe’ye vasiyet etti. Müslümanlarla helâlleşti ve Ecnâdeyn savaşının
sonucunu öğrendikten kısa süre sonra 63 yaşında vefat etti (22 Cemâziyelâhir
13/23 Ağustos 634).
Cenaze namazını Hz. Ömer kıldırdıktan sonra Hz. Peygamber’in yanına defnedildi.
Böylece dünyada iken onun sadık dostuolan Hz. Ebû Bekir,
vefatından sonra da ona komşu ve arkadaş oldu.
Hz. Peygamber’in vefatından sonra Müslümanların idaresini üstlenen Hz.
Ebû Bekir’in iki yıllık halîfeliği süreci, Müslümanlar için, peygamber
idaresinden hilâfet yönetimine geçiş dönemi olarak kabul edilebilir. Kısa,
ancak çok zor geçen bu dönem, Hz. Ebû Bekir’e çok büyük sorumluluklar
yüklemiştir. Hz. Âişe, bu nazik durumu ve babasının bu süreçte yüklendiği
misyonu şu sözleriyle tasvir eder: “Araplar irtidat ettiler. Yahudiler ve
Hıristiyanlar baş kaldırdı; nifak ortaya çıktı. Peygamberlerini kaybeden
Müslümanlar, bir kış gecesinin yağmuru altında kalmış koyun sürüsüne
döndüler. Nihayet Allah, onları tekrar Ebû Bekir’in etrafında topladı.
Resûlullâh vefat edince babamın karşılaştığı zorluklar, koca dağlara
yüklenseydi, onları param parça ederdi. Medine’de nifak hâkimdi. Allah’a
yemin ederim ki babam, insanların ihtilâfa düştükleri her konuyu,
İslâmiyet’teki değer ve ilgisine göre en süratli bir şekilde çözdü”. (Belâzürî,
Fütûhu’l-büldân, s. 132).
Hz. Ebû Bekir vefat ettiğinde Hz. Ali’nin de şu sözleri söylediği
nakledilir: “Sen fırtınaların ve en şiddetli kasırgaların kımıldatamadığı bir
dağ idin. Resûlullâh’ın dediği gibi sen, bedeninde zayıf, Allah’ın dininde
kuvvetli, gönlünde mütevazı, Allah’ın katında ve yeryüzünde makamı yüce,
mü’minlerin nazarında büyük idin. Sende hiç kimsenin kini, hiç kimsenin
değersiz bulduğu bir taraf yoktu. Senin katında kuvvetli, ondan hak
alınıncaya kadar zayıf, zayıf da hakkını alıncaya kadar kuvvetli idi. Yüce
Allah, senin sevabından bizi mahrum etmesin, senden sonra bizi
saptırmasın!” (Algül (1986), II, 248).